3- Natura 2000 le patrimoine naturel concerné

25 habitats d'intérêt européen dont 3 prioritaires sont présents sur l'ensemble du site.

Les habitats de végétations aquatiques sont encore mal caractérisés. En effet, les végétations des fossés ont été, pour des raisons méthodologiques et financières, exclues de la cartographie des habitats réalisée entre 2016 et 2018. On estime à 2 000 km le linéaire de fossé du site.

Les habitats intérieurs majoritaires en surface sont les habitats tourbeux (3 000 ha). Ils recouvrent une grande palette de milieux allant des prairies para-tourbeuses aux tourbières à sphaignes en passant par les marais neutro-alcalins à Marisque. Ces habitats sont globalement dans un bon état de conservation. Ils sont principalement localisés dans la vallée du Gorget, la vallée de la Sèves et la basse vallée de la Taute.

Les prairies maigres de fauche (740 ha) n’avaient pas été identifiées sur le site avant la campagne de cartographie de 2016-2018. Elles sont majoritairement localisées dans les polders, les Marais de la Côte Est et l’aval de la vallée de la Vire. Majoritairement en bon état de conservation, environ 1/3 de surfaces est cependant jugé dégradé.

Les habitats de dunes sont peu abondants (90 ha) et dans un état de conservation majoritairement moyen à défavorable.

Les prés salés (375 ha) sont essentiellement présents en baie des Veys et dans une moindre mesure au nord de la Sinope et à l’intérieur de certains polders. Globalement ces habitats sont dans un état de conservation moyen.

Enfin, les habitats estuariens et marins (3 950 ha) représentent les surfaces les plus importantes. Les vasières sont en régression en raison de la combinaison du développement des prés salés et du comblement de la baie par les apports de sédiments marins.

Le site abrite 24 espèces de faune (hors oiseaux) et de flore d'intérêt européen.

Le Phoque veau-marin présente une importante colonie dans la baie des Veys. Ce site de reproduction est l’un des trois sites majeurs en France. La population est en croissance.

Après plus de 10 ans d'absence de données, la Loutre d'Europe a été redécouverte en 2011 dans les bassins-versants de la Douve et de la Vire tant dans les marais qu'à l'amont. Mais depuis 2016, l’espèce n’est à nouveau plus détectée.

Des colonies reproductrices de Petit Rhinolophe et de Barbastelle d'Europe ont été découvertes dans un des rares bâtiments du site. Quatorze espèces de chauves souris ont été identifiées dans les marais en activité de chasse : il semblerait que l'activité de chasse dans les marais soit assez importante mais cela nécessite des investigations supplémentaires.

Cinq espèces de poissons migrateurs sont présentes (Lamproie de rivière, Lamproie marine, Saumon atlantique, Grande Alose et Alose feinte). Les marais sont principalement une zone de transit vers les frayères situées en amont. Cependant, des frayères d'Aloses et plus marginalement de Lamproies sont présentes dans le site. La Vire est un des bastions français de la Grande Alose.

Le Triton crêté fréquente ici les mares en limite de bocage et les secteurs de marais moins inondables (polders, marais de la Côte Est). Les marais forment un corridor entre les populations du littoral de l'ouest de la Manche et celles de la Normandie sédimentaire.

Le Vertigo de Des Moulins a été découvert en 2007. Il fréquente les végétations denses des zones humides alcalines. Malgré des recherches ciblées, l'espèce semble cantonnée à deux uniques secteurs.

La Planorbe naine a été découverte dans plusieurs fossés et cours d'eau de marais en 2011. Sa répartition est localisée (14 stations) et surtout la compréhension de son écologie est encore faible. Ce sont les seules stations connues en Normandie.

97 espèces d’oiseaux typiques du site sont répertoriées, 63 au titre des oiseaux nicheurs et 90 comme migrateurs et/ou hivernants. Voir aussi la page Découvrir

Nidification
Les passereaux nicheurs des prairies présentent des populations globalement en bonne santé à l’exception de l’Alouette des champs et du Pipit farlouse. Les effectifs de Tarier des prés, Bruant des roseaux, Bergeronnette flavéole et Phragmite des joncs sont numériquement remarquables à l’échelle française.
Les limicoles présentent des situations contrastées : progression du Courlis cendré, développement récent de l’Echasse blanche, Avocette élégante et Chevalier gambette, fragilité du Vanneau huppé…
Les Busards cendré et des roseaux présentent des populations limitées mais stables.
On manque de données pour évaluer les évolutions chez les canards nicheurs mais la population de Sarcelle d’été semble remarquable.
Le Butor étoilé après une période d’embellie est aujourd’hui à un seuil très bas.
Enfin, on observe l’apparition récente de plusieurs espèces (Grand Cormoran, Héron garde-boeufs, Grande Aigrette, Spatule blanche...).

Sur le littoral, la population de Gravelot à collier interrompu représente près du tiers de la population normande.

Migration et hivernage
Le site atteint régulièrement le seuil de 20 000 limicoles côtiers en hivernage (20 500 en moyenne entre 2011 et 2017).  Les effectifs de l’espèce la plus abondante, le Bécasseau variable sont en régression. Il en est de même pour le Grand Gravelot ; même si les effectifs sont encore remarquables (près de 2 % de la population européenne en migration). Les autres espèces de ce groupe sont stables.

Au plus fort de l'hiver, le site abrite de  11 000 à 35 000 (2011-17) anatidés. Ces espèces migratrices et hivernantes sont globalement abondantes et en progression. La plus abondante est la Sarcelle d’hiver mais Canard pilet et Canard souchet présentent également des effectifs remarquables  (respectivement 3et 8% de la population européenne en migration pré-nuptiale). On observe depuis quelques années le développement de l’hivernage d’Oies cendrées et de Bernaches nonnettes.
Le Phragmite aquatique semble moins abondant en halte migratoire ces dernières années.